Gagauzların kökeni ile ilgili bugün dünyada ve akademik çevrelerde kabul edilen yaygın görüş, Oğuz kökenli bir Türk topluluğu olduğu yönündedir. Gagauzların Balkanlara ve bugünkü Ukrayna bölgesine ilk defa 11. Yüzyılda Asya’dan göç ettikleri, Peçenek, Uz (Oğuz), Kıpçak Türkleri ile aynı soydan geldikleri düşünülmektedir.

Ortodoks Hristiyan olan Gagauzlar’ın konuştuğu dil ise bulundukları bölgelere göre, Slav, Yunan ve Romen dillerinin etkisinde kalmasına rağmen büyük ölçüde Türkiye Türkçesine ve ağız olarak da Balkan Türkçesi ağzına benzemektedir

19.Yüzyılda Balkanlara göç eden Gagauzlar,XIII. Yüzyılda Dobruca bölgesinde başkenti Korbuna olan ve yaklaşık ikiyüz yıl yaşamını sürdüren Dobruca Prensliğini(Uzi Eyaleti) kurmuşlar.Daha sonra Osmanlı hakimiyetine giren Gagauz Türkleri XVIII. Yüzyılda Balkanlarda başlayan bağımsızlık hareketleri sonucunda Bulgarların hedefi haline gelmişler ve asırlardır yaşadıkları toprakları terketmek zorunda kalmışlar.Yaşaşan bu gelişmelerin ardından Besarabya Bölgesine göç eden Gagauzlar 19. Yüzyıl başlarında başlayan Osmanlı-Rus Savaşları sırasında ise Moldova’ya yerleşmişler.1770 yılında Moldova’da Çadır ve Orak adlarını taşıyan iki köy kuran Gagauzlar’a 1812 yılında imzalanan Bükreş Antlaşmasından sonra Ruslar tarafından bölgede yeni topraklar verilmiştir.Bu antlaşma ile Bucak Bölgesinde yaşayan Tatarlar, asırlardır yaşadıkları topraklardan çıkartılmışlar ve yerlerine Gagauzlar yerleştirilmişlerdir.

Bağımsızlık ateşleri hiç bir zaman sönmeyen Gagauz Türkleri 6 Ocak 1906 tarihinde Andrey Galaţan ve Atmaca Pavlioğlu önderliğinde Rusya’ya karşı ayaklanmışlar ve bağımsız Komrat Cumhuriyetini ilan etmişler. Ancak bu ayaklanma 21 Ocak tarihinde Rus Ordusunun bölgeye girmesiyle bastırılmış ve 15 gün süren bir cumhuriyet serüveninin ardından Gagauzlar 1994 yılına kadar sırasıyla; Rusya İmparatorluğu, Romanya, Almanya (II. Dünya Savaşı döneminde) ve Sovyetler Birliği’nin egemenliği altında kalmış

 Gagauzlar, 21 Ağustos 1990’da Özerk Gagavuz Sovyet Sosyalist Cumhuriyeti’ni en yoğun yaşadıkları Komrat yöresinde ilan ettiler. Bu karar, Moldova Yüksek Sovyeti tarafından iptal edildi.Yaşaşan bu gelişmenin ardından çalışmalarını kararlı bir şekilde sürdüren Gagauz toplum liderleri  25 Ekim 1990’da kendi cumhuriyetlerini  oluşturmaya yönelik seçimleri yaptı. Moldova milliyetçileri bu girişimi yöreye gönderdikleri 50 bin silahlı gönüllü ile önlemeye çalışırken olaylar  Rus askerlerinin müdahalesiyle daha fazla büyümeden sona erdi. Devam eden seçimler sonucunda 31 Ekim’de Komrat’ta yeni bir Gagauz Yüksek Sovyeti kuruldu ve Stepan Topal başkan seçildi.

 Moldova’nın 27 Ağustos 1991 tarihinde bağımsızlığını ilan etmesinin ardından Gagavuzlar’da kendi cumhuriyetlerini ilan ettiler. Moldova Meclisi 23 Aralık 1994 tarihinde ” Gagauz Yeri ” Özel Hukuki Statüsünü yasa olarak kabul etti. Yasaya göre, Gagavuzlara Moldova Anayasası’na ters düşmemek şartıyla; kültür, bilim, eğitim, iskan, belediye hizmetleri, sağlık, spor, bütçe, ekoloji, finans ve ekonomi alanlarında kanun yapma hakkı verildi. Bu yetkiyi 35 kişilik Halk Topluşu kullanırken ülkedeki en yüksek merci ise Gagauz Yeri Başkanı